refactor(literature-search-verify): 草稿输出从 .claude/skills 挪到项目根目录 output/

技能自己的目录里混入运行时草稿数据不太合适——如果以后要把 skill 当独立包
复用/分享,草稿数据会被一起打包进去。改为统一放到 <project-root>/output/
<skill-name>/<topic-slug>/,并按主题分子目录(topic-slug 规则和 references/
下的归档目录一致),避免不同主题的草稿用无区分度的通用文件名互相覆盖/混堆
(这个问题在旧的 output/ 目录里已经实际发生过)。

同步更新了 SKILL.md、archive_references.py 的示例路径、已归档的 README 里
指向草稿目录的说明,以及 CLAUDE.md 里的目录结构图和相应设计原则。现有的
草稿文件已按此规则搬到 output/literature-search-verify/uav_aeromagnetic_compensation/
下。.gitignore 里原有的 output 规则本来就不带路径前缀,新位置无需改动即可
继续被正确忽略。

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

.claude/skills/literature-search-verify/SKILL.md

@@ -25,12 +25,31 @@ description: Search academic literature across arXiv, Semantic Scholar, Crossref
 `scripts/` 目录下已经写好了能直接跑的检索脚本,不依赖任何第三方Python包,也不需要装MCP工具:
 
 ```bash
+# 始终从项目根目录调用(脚本本身不关心cwd,但--bib-out等输出路径按项目根目录约定拼)。
 # 一次性搞定:检索 arXiv + Semantic Scholar + Crossref,自动去重、逐条验证,
 # 并把通过验证的条目写成BibTeX文件——这是应该默认调用的入口
-python3 scripts/literature_search.py "UAV magnetic compensation Tolles-Lawson" \
+mkdir -p output/literature-search-verify/uav_aeromagnetic_compensation
-    --max-per-source 8 --bib-out refs.bib
+python3 .claude/skills/literature-search-verify/scripts/literature_search.py \
+    "UAV magnetic compensation Tolles-Lawson" \
+    --max-per-source 8 \
+    --bib-out output/literature-search-verify/uav_aeromagnetic_compensation/refs.bib
 ```
 
+草稿路径(检索报告JSON、下载的PDF、中间生成的bib)统一落在项目根目录下的
+`output/literature-search-verify/`,不要写回技能自己的目录里(`.claude/skills/`
+应该只放技能代码,不放运行时产生的草稿数据)。如果项目里以后还有别的技能也
+需要草稿区,各自建 `output/<skill-name>/` 子目录,互不混放。
+
+**同一个技能内部也要按主题分开,不要所有检索会话都堆在同一层**:开始一个新
+主题的检索时,先按"和第六步归档时同样的规则"把主题名转成 slug(小写、非
+字母数字换成下划线,比如"UAV aeromagnetic compensation" → `uav_aeromagnetic_compensation`),
+建 `output/literature-search-verify/<topic-slug>/` 子目录,这一整个主题下
+不管跑多少轮检索、多少条不同的query,原始JSON/bib草稿都写进这一个子目录里
+(文件名可以随意区分轮次,比如`q1.json`/`q2.json`),不要用不带主题区分的
+通用文件名散落在`output/literature-search-verify/`根下。这样同一个主题的
+草稿和第六步归档产出的`references/<topic-slug>/`目录能通过同一个slug对上号,
+之后回来补充检索同一主题时也知道去哪个子目录续。
+
 正常情况下**只需要跑这一条命令**,它内部会依次调用 `search_arxiv.py`、`search_semantic_scholar.py`、`search_crossref.py` 做检索,再对每条合并后的候选文献跑 `verify_citation.py` 做交叉验证,输出一份JSON报告(每条候选都带`verdict`字段)。如果只是想单独查一个来源,或者针对某一条文献单独复核,再分别调用对应的单个脚本(用法见每个脚本文件开头的docstring)。
 
 如果这些脚本因为网络原因跑不动(比如内网/代理限制导致连不上 arxiv.org、semanticscholar.org、crossref.org),`literature_search.py` 会把每个来源的报错单独记在`search_errors`里而不是直接崩溃——这时候老实告诉用户"检索脚本连不上网络,以下是报错信息",不要退回去凭记忆编文献。如果用户这边确实连不上这几个学术API域名,才退回到 web_search 工具,并在结果里明确标注"来自通用网络搜索的补充结果,未经过脚本的交叉验证流程,置信度较低"。
@@ -66,15 +85,19 @@ MCP 检索工具覆盖的是 arXiv/Semantic Scholar/Crossref 这类有公开 API
 
 ### 第六步:归档
 
-`output/` 目录只是脚本运行时的草稿区——里面混着每一轮探索性检索的原始JSON(包括被过滤掉的噪声,比如"Tolles""Lawson"被当成人名匹配出的无关文献),不适合作为最终交付物,而且随着会话增多会越堆越乱、也不方便下次会话或用户直接翻阅。
+`<project-root>/output/literature-search-verify/` 只是脚本运行时的草稿区——里面
+混着每一轮探索性检索的原始JSON(包括被过滤掉的噪声,比如"Tolles""Lawson"被当成
+人名匹配出的无关文献),不适合作为最终交付物,而且随着会话增多会越堆越乱、也不
+方便下次会话或用户直接翻阅。
 
-所以每次整理出一份**稳定可信的参考文献列表**(不管是第一轮检索还是后续多轮补充检索合并后的结果)之后,调用归档脚本把它固化到项目级目录,而不是留在技能自己的`output/`里:
+所以每次整理出一份**稳定可信的参考文献列表**(不管是第一轮检索还是后续多轮补充检索合并后的结果)之后,调用归档脚本把它固化到项目级目录,而不是留在草稿区里:
 
 ```bash
-python3 scripts/archive_references.py "UAV aeromagnetic compensation" \
+python3 .claude/skills/literature-search-verify/scripts/archive_references.py \
-    --bib output/uav_aeromagnetic_compensation_final.bib \
+    "UAV aeromagnetic compensation" \
+    --bib output/literature-search-verify/uav_aeromagnetic_compensation_final.bib \
     --project-root . \
-    --pdfs-dir output/pdfs \
+    --pdfs-dir output/literature-search-verify/pdfs \
     --suspect "某条可疑文献标题|不建议引用的具体原因" \
     --notes "检索覆盖了哪些方向、哪些方向搜了但没结果、中文文献缺口提醒等"
 ```

.claude/skills/literature-search-verify/scripts/archive_references.py

@@ -13,11 +13,14 @@ what's there without re-reading the conversation that produced it.
 
 No third-party dependencies; uses only the standard library.
 
-CLI usage:
+CLI usage (run from the project root; scratch input lives under
-    python3 archive_references.py "UAV aeromagnetic compensation" \\
+output/literature-search-verify/<topic-slug>/, matching the slug this
-        --bib output/uav_aeromagnetic_compensation_final.bib \\
+script derives from the topic argument):
+    python3 .claude/skills/literature-search-verify/scripts/archive_references.py \\
+        "UAV aeromagnetic compensation" \\
+        --bib output/literature-search-verify/uav_aeromagnetic_compensation/uav_aeromagnetic_compensation_final.bib \\
         --project-root . \\
-        --pdfs-dir output/pdfs \\
+        --pdfs-dir output/literature-search-verify/uav_aeromagnetic_compensation/pdfs \\
         --suspect "Some fabricated-looking title|DOI resolves but venue is topically unrelated" \\
         --notes "Kalman-filter and GA/PSO angles searched, no on-topic hits found."
 

CLAUDE.md

@@ -7,15 +7,18 @@
 ## 目录结构
 
 ```
-.claude/skills/                     所有 skill 的定义,每个子目录一个 skill
+.claude/skills/                     所有 skill 的定义,每个子目录一个 skill,只放代码/说明
   literature-search-verify/         检索 + 反幻觉引用核查
     SKILL.md                        skill 说明(frontmatter name 必须与目录名一致)
     scripts/                        纯标准库 Python 脚本,无第三方依赖
-    output/                         脚本运行时草稿区,.gitignore 掉,不进版本库
   paper-writing-grounded/           论文写作(强制数据溯源)
     SKILL.md
   git-commit/                       规范化 commit message 生成与提交
     SKILL.md
+output/<skill-name>/<topic-slug>/   各 skill 运行时的草稿区,.gitignore 掉,不进版本库;
+                                     按 skill 分子目录、同一 skill 内再按主题分子目录
+                                     (topic-slug 规则和 references/ 下的目录名一致),
+                                     避免不同 skill、不同主题的草稿互相覆盖/混堆
 references/<topic-slug>/            literature-search-verify 归档产出的稳定文献库
   references.bib                    已验证文献,写作阶段 \cite{} 直接复用这里的 key
   README.md                         人可读索引,含 suspect/unverified 条目说明
@@ -30,8 +33,11 @@ references/<topic-slug>/            literature-search-verify 归档产出的稳
 2. **脚本优先于临场编 API 调用**:能写成 `scripts/` 里可重复运行的脚本就不要
    指望模型每次现场拼 HTTP 请求——后者不可复现、容易在细节上出错。脚本只用
    标准库,不引入第三方依赖,保证任何环境下拿来就能跑。
-3. **草稿区与交付物分离**:skill 自己的 `output/` 只是运行痕迹,不是可信的最终
+3. **草稿区与交付物分离**:草稿(项目根目录下的 `output/<skill-name>/<topic-slug>/`)
-   产物;确认稳定后要显式归档到 `references/<slug>/` 这类项目级目录,才算数。
+   只是运行痕迹,不是可信的最终产物,也不放在 `.claude/skills/` 里面(那里只放
+   skill 代码本身);确认稳定后要显式归档到 `references/<slug>/` 这类项目级
+   目录,才算数。同一 skill 下不同主题的草稿必须分子目录,不能用无区分度的
+   通用文件名（如`t1.json`）散落在同一层——这类命名冲突曾经真实发生过。
 4. **skill 之间通过约定(如 bibtex key)解耦协作**,而不是互相读对方内部状态;
    每个 SKILL.md 末尾应有一节说明它和其他 skill 的配合方式。
 5. **目录名必须和 SKILL.md frontmatter 里的 `name:` 完全一致**——skill 发现/

references/uav_aeromagnetic_compensation/README.md

@@ -53,4 +53,4 @@ Direction covered: UAV/airborne aeromagnetic compensation (Tolles-Lawson family)
 Queried via arXiv + Crossref + Semantic Scholar (S2 was rate-limited (HTTP 429) for much of the session, so most entries only got single-channel verification -- arXiv ID or DOI resolution -- rather than the additional cross-source title check; this is noted per-entry as "unverified"/"skipped" in the raw JSON reports, not silently upgraded to double-verified).
 Searched but found no on-topic hits: Kalman-filter-based aeromagnetic compensation; genetic-algorithm/PSO-based aeromagnetic compensation.
 Not covered at all: CNKI/Wanfang/VIP (Chinese databases, no public API) -- use the Zotero Connector browser extension logged into a university account for these.
-Raw per-query JSON search/verification reports (including filtered-out noise from ambiguous keyword matches like "Tolles"/"Lawson" as surnames) are kept in .claude/skills/literature-search-verify/output/ for audit purposes and are not part of this archive.
+Raw per-query JSON search/verification reports (including filtered-out noise from ambiguous keyword matches like "Tolles"/"Lawson" as surnames) are kept in output/literature-search-verify/uav_aeromagnetic_compensation/ for audit purposes and are not part of this archive.