zhoujie 3bb3528ad6 refactor(literature-search-verify): 草稿输出从 .claude/skills 挪到项目根目录 output/

技能自己的目录里混入运行时草稿数据不太合适——如果以后要把 skill 当独立包
复用/分享,草稿数据会被一起打包进去。改为统一放到 <project-root>/output/
<skill-name>/<topic-slug>/,并按主题分子目录(topic-slug 规则和 references/
下的归档目录一致),避免不同主题的草稿用无区分度的通用文件名互相覆盖/混堆
(这个问题在旧的 output/ 目录里已经实际发生过)。

同步更新了 SKILL.md、archive_references.py 的示例路径、已归档的 README 里
指向草稿目录的说明,以及 CLAUDE.md 里的目录结构图和相应设计原则。现有的
草稿文件已按此规则搬到 output/literature-search-verify/uav_aeromagnetic_compensation/
下。.gitignore 里原有的 output 规则本来就不带路径前缀,新位置无需改动即可
继续被正确忽略。

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>

2026-07-21 02:35:15 -10:00

5.1 KiB

Raw Blame History

autoPaper — 科研辅助 Claude Skill 库

本仓库不是一篇具体论文的工作区,而是一套持续维护的 Claude Code skill 库, 服务于科研工作流(文献检索 → 核实 → 归档 → 写作)。references/ 下按主题归档的文献是这套 skill 实际产出的样例/沉淀,不是本仓库的主体。

目录结构

.claude/skills/                     所有 skill 的定义,每个子目录一个 skill,只放代码/说明
  literature-search-verify/         检索 + 反幻觉引用核查
    SKILL.md                        skill 说明(frontmatter name 必须与目录名一致)
    scripts/                        纯标准库 Python 脚本,无第三方依赖
  paper-writing-grounded/           论文写作(强制数据溯源)
    SKILL.md
  git-commit/                       规范化 commit message 生成与提交
    SKILL.md
output/<skill-name>/<topic-slug>/   各 skill 运行时的草稿区,.gitignore 掉,不进版本库;
                                     按 skill 分子目录、同一 skill 内再按主题分子目录
                                     (topic-slug 规则和 references/ 下的目录名一致),
                                     避免不同 skill、不同主题的草稿互相覆盖/混堆
references/<topic-slug>/            literature-search-verify 归档产出的稳定文献库
  references.bib                    已验证文献,写作阶段 \cite{} 直接复用这里的 key
  README.md                         人可读索引,含 suspect/unverified 条目说明
  pdfs/                             开放获取的原文 PDF(如有)

核心设计原则(新增/修改 skill 时必须保持)

反幻觉是硬约束,不是建议:任何进入正文引用或数字的内容都必须能独立核实或追溯到真实数据,验证不通过就必须显式标记(suspect/unverified/ [需要数据: ...]),绝不能为了让输出"看起来完整"而悄悄丢弃或蒙混过关。
脚本优先于临场编 API 调用:能写成 scripts/ 里可重复运行的脚本就不要指望模型每次现场拼 HTTP 请求——后者不可复现、容易在细节上出错。脚本只用标准库,不引入第三方依赖,保证任何环境下拿来就能跑。
草稿区与交付物分离:草稿(项目根目录下的 output/<skill-name>/<topic-slug>/) 只是运行痕迹,不是可信的最终产物,也不放在 .claude/skills/ 里面(那里只放 skill 代码本身);确认稳定后要显式归档到 references/<slug>/ 这类项目级目录,才算数。同一 skill 下不同主题的草稿必须分子目录,不能用无区分度的通用文件名（如t1.json）散落在同一层——这类命名冲突曾经真实发生过。
skill 之间通过约定(如 bibtex key)解耦协作,而不是互相读对方内部状态; 每个 SKILL.md 末尾应有一节说明它和其他 skill 的配合方式。
目录名必须和 SKILL.md frontmatter 里的 name: 完全一致——skill 发现/ 调用是按目录名走的,两者不一致会导致"文档里写的名字"和"实际能唤起的名字" 对不上(曾经出现过 paper-wiriting-grounded 目录名手滑打错、和 frontmatter 里正确拼写的 paper-writing-grounded 不一致的问题,已修正)。

已知薄弱环节 / 待办方向

scripts/search_semantic_scholar.py、verify_citation.py 对 Semantic Scholar 的限流(HTTP 429)没有重试/退避,会话量大时会导致大量条目退化成只有单源验证 (已在 references/uav_aeromagnetic_compensation/README.md 的检索记录里实际发生过)。
核心正确性逻辑(verify_citation.py 的三档判定、archive_references.py 的 bib 字段解析)目前没有自动化测试兜底,只能靠人工抽查实际输出结果。
目前只覆盖"检索/核实"与"写作/溯源"两段,引用一致性核查(定稿里的 \cite{} 是否都对得上 references.bib、有没有归档了却从未引用的条目)、面向具体学科的补充检索源等还没有对应 skill。

下一步计划(已和用户确认,尚未实施)

给核心脚本补单测 + 给网络请求加限流重试:verify_citation.py 的三档判定逻辑、archive_references.py 的 bib 字段解析(覆盖嵌套花括号等边界情况)补 pytest 单测;search_semantic_scholar.py 等对 S2/arXiv/Crossref 的请求加退避重试,避免再出现"S2 被限流导致大量条目退化成单源验证"的情况。
新增"引用一致性核查" skill:检查定稿里所有 \cite{} 的 key 是否都能在对应主题的 references/<slug>/references.bib 里找到,以及有没有已归档但从未被正文引用的"僵尸条目",在 literature-search-verify 和 paper-writing-grounded 之间补上这个校验环节。

新增 skill 时的约定

SKILL.md 的 frontmatter description 要写清楚"什么场景下必须触发这个 skill",因为这是 skill 被自动选中的唯一依据。
正文按"为什么需要 / 工作流程 / 和其他 skill 的配合"组织,和现有两个 skill 保持同样的结构和颗粒度。
目录名 = frontmatter name,不要有拼写差异。

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目录结构

核心设计原则(新增/修改 skill 时必须保持)

已知薄弱环节 / 待办方向

下一步计划(已和用户确认,尚未实施)

新增 skill 时的约定

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